掌握骨骼結構對生物的學習有相當的助益，但是可供參考的教育前例較少，資源有限，因此課程設計一套有效的教學法引導學生認識骨骼非常重要。
首先，必須先取得學生的先備經驗（即學習前的認知），再設計適當的教學流程，引發學習前後的認知衝突，引導學生調整其先備經驗。又根據新課綱培養學生探究技能、並增進其科學素養的目標，課程的設計如下：
【一、學習前測試，作為學習後對比量表】
為了分析學生前後表現並檢視教學效果，也考慮不少學生拙於文字表達，學前測試只有兩張圖紙。一張是只有人體輪廓的圖紙，讓學生在輪廓內畫出人體骨骼，當作前測並取得其先備經驗。第二張是，為了檢測學生是否可以將人骨的知識遷移到其他動物，特別挑選學生比較不熟悉、且容易與魚類混淆的鯨豚，給學生只有虎鯨輪廓的圖紙，請他們畫出內部骨骼，作為先備參考。
英國教育學者曾經調查175名、6個年齡層的骨骼繪畫，發展成7個等級的表現（Tunnicliffe & Reiss,1999），我們以此為研究量表，並根據課程需要，將測驗評分調整成10個等級：
第一級 沒有畫骨頭
第二級 以簡單線條或圓圈表示骨頭
第三級 以「狗骨頭」形狀表示骨頭，且骨頭呈現散亂或分佈於全身
第四級 有一類型骨頭出現在適當位置
第五級 至少兩類型骨頭（例如脊椎和肋骨）出現在適當位置
第六級 定義出脊椎骨骼組織（例如定義出脊椎、頭骨、肢體或肋骨）
第七級 畫出完整的骨骼（例如定義出脊椎、頭骨、肢體以及肋骨之間的關連）
第八級 畫出完整的骨骼且寫出一個肢體細部骨骼名稱
第九級 畫出完整的骨骼且寫出兩個以上肢體細部骨骼名稱
第十級 畫出完整的骨骼與肢體細部骨骼名稱
前測結果，不出意外多數學生會以卡通常見的狗骨頭形狀繪畫，當學期末再拿出這些資料給學生對比時，同學們總是相互玩笑、歡樂極了！直接證明學習前後的知識差距，帶給學生很大的震撼。
【二、認識骨骼─專有名詞、素描、作文】
課程主要學習人類骨骼，因此需要學生先背下骨骼名詞。所謂細部肢體骨骼構造，包括上肢的肩胛骨與肱骨、尺骨、橈骨、腕骨、掌骨、指骨等；下肢骨則包括大腿骨、脛骨、腓骨、跟骨、蹠骨、跖骨、趾骨。
認清並背下這些名稱後，再帶出狗狗的身體骨骼，作為知識遷移的動物代表，引導孩子找出人與狗狗對應的骨骼。同學們也在這個階段，逐步從骨頭結構認識狗狗的走路方式、從尖銳的牙齒結構發現雜食特性等。
為了讓學生能夠以專業方式記錄骨骼，我們邀請美勞老師共同參與，在美勞課時間，利用自然教室裡的兔子和虎鯨骨骼模型，指導學生素描骨骼的方式。素描的對象還包括北極熊、雲豹、梅花鹿、河狸、狗等哺乳動物的頭骨，有些孩子在素描骨骼時還展現出立體陰影、前後景的技巧，畫出令人驚豔的作品。
除此之外，教室內也擺放骨骼模型、書籍，隨時讓學生觸摸與查閱，其中包括老師自己創作的骨骼科普文章讓學生閱讀。素描課程過後，學生要記錄心情感想，最後寫成作文，希望透過跨領域學習方式，讓閱讀與探究能力同時增長。
【三、博物館戶外教學，觀察大象骨和鯨豚骨】
對骨骼結構有基本認識之後，我們邀請自然老師、學務主任共同規劃戶外教學，帶學生到國立臺灣博物館的土銀展館，實際觀察大象與鯨豚的骨架，並將骨骼描繪出來、標示出骨骼名稱，讓學生根據課堂學到的人骨知識，解讀其他動物的骨骼。
學生必須當場畫下動物的骨骼，並且在不依賴老師的前提下，參考筆記本中的人骨名稱，獨立標示其他動物的骨骼。如果學生自行運用人骨的知識來標示大象或鯨豚的骨頭，表示具備相當的探究能力。
【四、測試學習遷移】
最後的驗收，分成三個方面：第一，請學生再次畫出人體骨骼並標示名稱；第二，請學生再次畫出虎鯨骨骼並標示名稱。第一和第二項的表現，將和課程之初的前測比較分析。
第三，是讓學生觀察始祖鳥以及孔子鳥的化石模型，因為鳥類的骨骼化石多呈現散亂狀態，與規規矩矩的骨架標本有相當大的差異。學生根據課程中的筆記與繪圖，提取已經學到的人骨經驗，嘗試獨立標示鳥類化石的骨骼名稱；如果學生可以完成，表示能夠把人骨的知識成功的應用於其他方面。
【五、延宕測驗】
對於當下習得的骨骼知識，能夠持續多少時間？「骨頭大探索」課程完成後兩年，也就是這群孩子小六畢業前夕，再請他們畫出虎鯨的骨骼，評估延宕成果。